При использовании commons.fileupload возникла проблема : русский текст, вводимый в input’ы, приходил в непонятной кодировке. Пробовал повесить фильтр, в котором выставить request’у и response’у кодировку utf-8 принудительно, но не помогло. Пробовал установить accept-charset на форме, тоже не помогло.
Единственное найденное решение – у получаемых значений конвертить кодировку из iso-8859-1 в utf-8 :

String convertedString = new String (string.getBytes ("iso-8859-1"), "UTF-8");

Вроде работает. Надеюсь в будущем покопать глубже, а пока останется такой миникостыль.