При использовании commons.fileupload возникла проблема : русский текст, вводимый в input’ы, приходил в непонятной кодировке. Пробовал повесить фильтр, в котором выставить request’у и response’у кодировку utf-8 принудительно, но не помогло. Пробовал установить accept-charset на форме, тоже не помогло.
Единственное найденное решение – у получаемых значений конвертить кодировку из iso-8859-1 в utf-8 :

String convertedString = new String (string.getBytes ("iso-8859-1"), "UTF-8");

Вроде работает. Надеюсь в будущем покопать глубже, а пока останется такой миникостыль.

Если у вас при импорте модуля (iml-файл) идея тупит (не подцепляются исходники, зависимости), не спешите нажимать Synchronize. Откройте iml-файл в текстовом редакторе и внимательно пройдитесь по его содержимому. Возможно, IDEA просто не нашла один из путей. В моем случае это был путь к части исходников, которые генерировались из WSDL в директорию build/src. На момент импорта модуля этих директорий не было (поскольку они создаются при билде модуля), и IDEA некорректно обработала эту ситуацию, проигнорировав прописанные в iml зависимости. После создания директорий build и build/src повторный импорт сработал на ура.
В такой ситуации нажатие Synchronize приведет к тому, что IDEA перезапишет iml-файл, по сути, с нуля. Соответственно, потом файл будет закоммичен вами в VCS. В результате это может обернуться головной болью для всех других разработчиков, имеющих дело с модулем.