Почему-то всегда считал, что если делать трассировку в отладчике (Step In, Step Over), то все остальные потоки в это время приостановлены, поскольку все потоки приостанавливаются при остановке на брейкпоинте. А оказалось, что это не так, и хотя IDEA действительно останавливает все потоки при попадании на точку останова, при дальнейшей трассировке между каждым следующим шагом вся JVM полностью возобновляется. Здесь чел тоже плачется и хочет режим, в котором бы трассировка не возобновляла остальные потоки. На что ребята из JetBrains пока что отвечают, что всё работает, как и должно, by design, и что это и есть правильный подход, т.к. в противном случае могут возникать дедлоки.

Мне кажется, что всё же опция отладки в таком режиме необходима, потому что иначе трассировать многопоточное приложение просто не имеет смысла. Буду надеяться, что фичу одобрят и добавят в будущем. А пока этого не случилось, приглашаю проголосовать за неё в трекере:

https://youtrack.jetbrains.com/issue/IDEA-43728